Năm 1825, Lê Chất lại dâng biểu xin cho con là Phò mã Lê Hậu về quê lo việc xây cất mộ phần cho song thân, vua nghe theo và còn thưởng 500 quan tiền. Mùa đông năm ấy mẹ của Chất là Đào thị ốm chết ở quê nhà. Chất xin chọn người thay làm việc để về sửa việc tang mẹ, vua không nỡ cướp tình bèn cho Nguyễn Hữu Thận làm Hiệp Tổng trấn Bắc Thành đi thay Chất, mà Chất vẫn đeo hàm Chưởng Hậu quân về quê để tang mẹ. Lại ban tiền gấm vải lụa đưa đến tận nhà. Hoàng Thái hậu ở trong cung cũng ban cho 3 cây gấm Tống và 50 lạng bạc[2].

Tuy nhiên khi chưa khởi hành về quê thì Lê Chất lại dâng sớ bảo Bắc Thành có trộm cướp nổi lên, xin lưu lại để lo việc. Vua dụ rằng

Ngươi nhận trọng khẩn đã lâu, cố cho ta khỏi lo về phương Bắc. Mùa đông năm ngoái vì có tang mẹ xin nghỉ việc, trẫm không nỡ cướp tình đã chọn người thay. Nay Bắc Thành giặc cướp nhiều, trẫm còn phải dậy sớm ăn muộn, người há khiết nhiên đi được à? Tưởng nên vì triều đình xuất lực cùng viên mới là Nguyễn Hữu Thận, Trương Phước Đặng bàn bạc xếp đặt việc xong rồi về tang mẹ thì công nghĩa tư tình đều được tốt cả nếu cấp về gia đình, cũng nên tâu cho ta biết.

Chất lúc đó đã có bệnh, lại xin lưu lại Bắc Thành khoảng một tháng để xếp đặt công việc. Vua xuống dụ bảo Chất lập tức phải về quê. Khi ông về đến kinh, vua sai người đến nhà riêng hỏi thăm yên ủi, cho đem liêu thuộc 500 người về quê trị tang mẹ. Lại cho chiếu phần phát lương cho. Khi về đến Bình Định, bệnh cũ lại phát, mùa thu năm 1826, Lê Chất chết ở quê nhà, hưởng thọ 53 tuổi[2].

Vua nghe tin Chất chết, nghỉ chầu 3 ngày, lại ban gấm sa vũ đoạn đều 6 tấm và 3.000 quan tiền, tặng hàm Thiếu phó, thuỵ là Trung Nghị[2][13]. Cấp phu coi mả. Hoàng Thái hậu cũng cho 300 lạng bạc. Mùa đông ấy, Nam Định giặc nổi lên, vua theo đổ lỗi cho Chất làm việc cẩu thả tạm bợ nên bấy giở giặc nổi lên. Lại hỏi Nguyễn Văn Trí rằng

Chất là đại thần của nước ta, giao cho việc thành Bắc Thành, binh uy không chấn chỉnh, nay mới có nhiều giặc như thế. Lúc Chất còn sống không một người nào nói cho trẫm biết, là tại làm sao?

Trí tâu rằng nhân thần được vua tin ai dám nói hở ra, như tôi dẫu bất tài được yêu cũng như thế, chứ cứ một mình Chất đâu. Đó là Minh Mạng thấy Chất cùng Duyệt nắm quyền ở hai trọng trấn, ỷ là khai quốc công thần mà xem thường cả vua, nên từ lâu đã có ý ghét.